新疆大学目前在吉尔吉斯斯坦和俄罗斯分别建立了三所孔子学院。

其中吉尔吉斯斯坦比什凯克人文大学孔子学院于2008年6月15日揭牌成立。该孔子学院位于吉尔吉斯斯坦首都比什凯克市。作为新疆大学合作建设最久、规模最大的孔子学院，目前其下设10个孔子课堂，11个汉语教学点和2个面向社会的培训中心，年均注册学员近6000余人，学员覆盖幼儿园、小学、中学至大学、政府部门等。该孔子学院开设各类汉语培训班、辅导班、中华才艺班、烹饪班等。在开展教学活动的同时，还大力推广各类中国文化活动，并与社区多次联合举办文化交流活动，在当地引起极大反响。

俄罗斯新西伯利亚国立大学孔子课堂于2009年7月5日揭牌成立，经过9年发展于2018年7月12日由“孔子课堂”升格为“孔子学院”，并于2019年7月1日揭牌。该孔子学院位于俄罗斯新西伯利亚市科学城，目前设有12个教学点，年均注册学员近500余人。该孔子学院协助新西伯利亚国立大学人文学部为汉语专业学生开设汉语课，以及汉语选修课。此外，孔子学院还招收汉语初级班、中级班、高级班，HSK辅导班，商务汉语班、口语班等各种类型的汉语业余班，以及同新西伯利亚和别尔茨克市几所中小学合作，开展当地儿童汉语教学。

吉尔吉斯斯坦贾拉拉巴德国立大学孔子学院成立于2016年12月，该孔子学院位于吉尔吉斯斯坦南部贾拉拉巴德州贾拉拉巴德市，目前分设14个教学点，年均注册学员近百余名。该孔子学院除开设HSK培训班外，还在中学及大学开设学分和非学分课程。